Dans le cas du bypass gastrique, la partie supérieure de l'estomac est séparée du reste de l'estomac, formant ainsi une poche gastrique. L'intestin grêle est sectionné dans sa partie supérieure et l'une de ses branches est reliée à la poche gastrique.
L'intestin grêle, qui provient de l'estomac fermé à l'aveugle et qui contient les sucs digestifs du duodénum, est cousu dans cette anse d'intestin grêle remontée. L'estomac est ainsi contourné (= bypass). Après un pontage gastrique, le patient doit éviter d'ingérer des quantités importantes et concentrées d'hydrates de carbone (sucre, féculents), car elles peuvent provoquer des crises de vertige.
Une prise conséquente de vitamines et d'oligo-éléments est nécessaire. La diminution moyenne du surpoids est de 50 à 60%.